ФНС России уже подготовила обзор практики по применению ст. 54.1 НК РФ (хотя статья не действует и полугода)

Письмом ФНС РФ от 27.11.2017 № СА-4-7/23972@ в налоговые органы направлены решения судебных органов, в которых сделаны выводы о невозможности применения положений ст. 54.1 НК РФ при рассмотрении дел об оспаривании решений налоговых органов по налоговым проверкам, решения о назначении которых вынесены до вступления в силу Федерального закона от 18.07.2017 № 163-ФЗ, т.е. до 19 августа 2017 г.

Более подробно см. здесь.

Сразу же скажу, что с некоторыми выводами этого письма я не согласен и планирую в ближайшее время поспорить по поводу некоторых как аргументов так и позиций (причем не только с налоговой).